参与了刘邦的起义部队，负责督办军务。他办事一丝不苟，深得刘邦信任。萧何建议刘邦进入秦都咸阳后“约法三章”：“杀人者死，伤人及盗抵罪”，敬告关中各县父老、豪杰，避免了乱杀，对稳定关中局势起了重要作用。攻克秦宫之后，他收取秦丞相府和御史府中的律令文书、山川图册、户籍簿等文献档案，对当时全国的山川险要、郡县户口及社会情况有了及时的了解。

楚汉战争结束后，刘邦总结了汉家取胜的原因，其中之一就是拥有萧何。论功行赏，萧何功劳最大，被封为侯，位居列侯第一。

尽管位高权重，但萧何作为臣下，贪功自傲之心却丝毫不敢有，行事十分小心谨慎。他跟随刘邦多年，对其为人非常了解，他深知，自己稍有疏忽即会引起大祸。汉十一年（公元前196年），萧何向吕后献计，将大将淮阴侯韩信诱杀。刘邦从前线回来后，听说铲除了心腹之患，就派人拜望萧何，将他由丞相升为相国，加封五千户，还专门为他配备了卫队。同僚前来祝贺，他毫无得意之色；相反，他接受谋士的建议，不但辞谢封赏，还以补充军费为由，将自己的资产全部捐出。他所做的一切无非是想向刘邦表示自己绝无野心。