刘秀心里明白，命令各降将回营管理部属，自己只带几个随从到各营巡视，投降的将领大受感动，私下议论说：“萧王对我们如此信任，我们怎能不尽心效忠。”刘秀此举使降者均诚心降服，他们被分给诸将统辖，使军队人数增至数十万。刘秀率军队进攻赤眉军的一部分和青犊、上江、大彤、铁胫、五幡等农民军，在射犬大败他们；接着南征河内，河内太守韩歆投降。

冬，刘秀即将北征燕赵地区，因考虑到赤眉军必定攻破长安，所以又想乘机吞并关中。一时拿不定主意先取何方，刘秀就从自己所部军队中分出精兵两万，随前将军邓禹入关。当时朱鲔、李轶、田立、陈侨统领一支兵马，号称三十万，与河南太守武勃共同守卫洛阳，鲍勇、田邑驻守并州。河内郡险要富裕，刘秀因而想把它作为根据地，这就需要选一合适的人选留守河内。刘秀一时难以决定，征求邓禹的意见，邓禹说：“寇恂文武兼备，善于统治百姓驾驭众将，此人是最合适的人选。”寇恂被任命为河内太守，刘秀让其行使大将军职权。刘秀对寇恂说：“从前高祖让萧何留守关中，我现在让你守河内，希望你管理好后方，供给军队所需，防御其他军队的入侵，不要让敌人北渡黄河。”同时，冯异被任命为孟津将军，魏郡、河内军队归其统率，驻守黄河沿岸，以防御洛阳军队。刘秀亲自送邓禹率军队西去后，自己领兵北上，寇恂在河内征集粮草，制造器械以供军需，军队征伐在外，供应一直没有短缺。